
Dado que para realizar una fecundación in-vitro es necesario poner el ovocito en contacto con un número relativamente alto de espermatozoides, estará desaconsejado su empleo en aquellos problemas de infertilidad por factor masculino muy severo. Estos incluyen aquellos casos en los que hay escasísimos o ningún espermatozoide con buena progresión rectilínea en el eyaculado, o aquellos que tienen un porcentaje muy bajo (menos del 4%) de espermatozoides morfológicamente normales.
También cuando la presencia de anticuerpos anti-espermatozoides afecte a una cantidad muy importante de éstos, o el tipo de inmunoglobulina haga sospechar que no podrán fecundar correctamente. En estos casos ni la eliminación del líquido folicular en la mujer, ni del plasma seminal en el varón consigue disminuir suficientemente la cantidad de anticuerpos anti-espermatozoides.

Por último, podríamos incluir aquellas alteraciones moleculares tanto a nivel de receptores del espermatozoide o del ovocito, como de cualquier otra molécula implicada en el proceso de fecundación que impida que ésta tenga lugar. Muchas de estas moléculas, así como sus funciones, todavía se desconocen por lo que no siempre se puede predecir una alteración a este nivel, hasta que se observa directamente un fallo de fecundación tras haber llevado a cabo un intento de FIV, en cuyo caso no deberá someterse a la paciente a un nuevo ciclo de iguales características.
En todos estos casos en los que no se puede hacer FIV convencional, se recurrirá a la fecundación asistida mediante la microinyección de un solo espermatozoide en el interior de cada ovocito (procedimiento conocido como ICSI), lo que solucionará el problema de la fecundación en prácticamente la totalidad de los pacientes.


